1. דלקת בבלוטות החֵלֶב בעור (המפרישות שומן), מביאה בשלב ראשון להיווצרות כיסים תת-עוריים עם פתחים בעור בשקע העכוז, ובשלב שני, חודר שער, דרך הפתחים, לכיסים התת-עוריים. דלקת מעין זו שכיחה בתקופת ההתבגרות (כמו "פצעי בגרות") וקיימת גם בנוטים לזיהומי עור בגב, בתי שחי וקפלי המפשעות במחלות כגון הידראדניטיס או סוגי אקנה מסוימים - Hidradenitis, Acne.

2. נטייה גנטית/תורשתית: לחלק מהסובלים מתופעה פילונידלית, בני משפחה קרובים שהייתה להם תופעה דומה.

3. שנויים בפעילות ההורמונלית/אנדוקרינית (כפי שמתרחשים בתקופת ההתבגרות).

4. השמנת יתר מתבטאת, בין השאר, בשקע עכוז עמוק יותר ופחות מאוורר וגורמת להתהוות תנאים נוחים בקרקעית השקע להתרבות חיידקים, מסמוס העור ודלקת.

5.  עישון מגביר את הנטייה לזיהומים עוריים (יתכן על ידי פגיעה במנגנון החיסון כנגד זיהומי עור).

6. חבלה מקומית מתמשכת: במלחמת העולם השנייה כונתה התופעה "מחלת הנוסעים בג'יפ" ("jeep riders disease")  ויוחסה לנזק שנגרם בישיבה ממושכת וקופצנית בנסיעה בג'יפים. בבדיקות של צעירים במהלך שרות צבאי, נמצא שהתופעה שכיחה יותר באלה העוסקים במקצועות נהיגה.

7. יתכן שהרגלי ניקיון אישי לקויים תורמים לתופעה.

8. לבוש לוחץ מצמיד את צידי שקע העכוז אחר לשני, מונע אוורור ויוצר תנאים לדלקת בקרקעית השקע.

9.   ניתוח/טיפול קודם לסינוס פילונידלי כרוך בסיכוי ממוצע של כ-20% לחזרת המחלה ולעתים אף יותר.

10. שיעור יתר, בעיקר כהה/שחור, יכול לתרום לתופעה.

11. שילוב של הגורמים הנ"ל והשפעה הדדית ביניהם.