הפרעה ברפוי פצעים ניתוחיים והישנות של המחלה הם אירועים שכיחים לאחר כלל הניתוחים הפילונידליים לסוגיהם.

כ-15-25%  מהמנותחים (עד 40% במחקרים מסוימים), עלולים להזדקק לטיפולים וניתוחים נוספים עד לרפוי הסופי. אחת הסיבות לכך שלא ניתן להבטיח הצלחה ורפוי מלא באף שיטת ניתוח, נעוצה בחלקה בהתמשכות הגורמים לתופעה מלכתחילה. גורמים אלה ממשיכים להיות פעילים גם לאחר ניתוח ולהביא  להיווצרות פתחים חדשים, חדירת שער ולהישנות התופעה. מצב זה מחייב בדרך כלל טיפול ניתוחי נוסף.