1. דלקת בבלוטות הפרשה שומנית בעור, מביאה בשלב ראשון להיווצרות כיסים תת-עוריים עם פתחים בעור בשקע העכוז, ובשלב שני, חודר שער, דרך הפתחים, לכיסים התת-עוריים. דלקת מעין זו שכיחה בתקופת ההתבגרות ובצעירים ויתכן שקשורה לשנויים בפעילות ההורמונלית שמתרחשים בתקופה זו.

2. ידועים היום מספר שנויים גנטיים-תורשתיים שמאופיינים בין השאר בהפרעות חסימתיות ודלקתיות בבלוטות השומן שבעור. לסובלים מהם שכיחות יתר של זיהומי עור בגב, קפלי המפשעות ובתי השחי, סוגי אקנה חמורה וגם הפרעה פילונידלית. נטייה גנטית זו היא כנראה ההסבר שלחלק מהסובלים מהמחלה הפילונידלית, בני משפחה קרובים עם תופעה דומה.

3. השמנת יתר מתבטאת, בין השאר, בשקע עכוז עמוק יותר ופחות מאוורר וגורמת להתהוות תנאים נוחים בקרקעית השקע להתרבות חיידקים, מסמוס העור ודלקת.

4.  עישון מגביר את הנטייה לזיהומים עוריים (יתכן על ידי פגיעה במנגנון החיסון כנגד זיהומי עור).

5. חבלה מקומית מתמשכת: במלחמת העולם השנייה כונתה התופעה "מחלת הנוסעים בג'יפ" ("jeep riders disease")  ויוחסה לנזק שנגרם בישיבה ממושכת וקופצנית בנסיעה בג'יפים. בבדיקות של צעירים במהלך שרות צבאי, נמצא שהתופעה שכיחה יותר באלה העוסקים במקצועות נהיגה.

6. יתכן שהרגלי ניקיון אישי לקויים תורמים לתופעה.

7. לבוש לוחץ המצמיד את הצדדים של שקע העכוז אחר לשני, מונע אוורור ויוצר תנאים לדלקת בקרקעית השקע.

8.   ניתוח/טיפול קודם לסינוס פילונידלי כרוך בסיכוי ממוצע של כ-20% ויותר לחזרת המחלה.

9. שיעור יתר, בעיקר כהה/שחור, יכול לתרום לתופעה.

10. שילוב של הגורמים הנ"ל והשפעה הדדית ביניהם.