הפרעה ברפוי פצעים ניתוחיים והישנות של המחלה הם אירועים שכיחים לאחר כלל הניתוחים הפילונידליים לסוגיהם.

כ-15-25%  מהמנותחים (עד 40% במחקרים מסוימים), עלולים להזדקק לטיפולים וניתוחים נוספים עד לרפוי הסופי. אחת הסיבות לכך שלא ניתן להבטיח הצלחה ורפוי מלא באף שיטת ניתוח, נעוצה בחלקה בהתמשכות הגורמים לתופעה מלכתחילה ועקב הנטייה האישית להיווצרות פתחים חדשים שקיימת בטווח גילים מסוים. גורמים אלה ממשיכים להיות פעילים גם לאחר ניתוח ולגרום לעיתים להישנות התופעה, חודשים ושנים לאחר ניתוח קודם. מצב זה מחייב בדרך כלל טיפול ניתוחי נוסף.